Александр фон Гоген родился в Архангельске. После окончания гимназии поступил в Императорскую академию художества Санкт-Петербурга, которую закончил в 1883 году, поступив на работу архитектором на Сестрорецкий инструментальный завод. В период учёбы работал помощником известных архитекторов П. Ю. Сюзора, А. Ф. Красовского и И. С. Богомолова, нарабатывая опыт, позволивший ему в дальнейшем стать одним из ведущих российских архитекторов.

С 1890 года Александр Иванович начал свою преподавательскую деятельность в Центральном училище технического рисования барона Штиглица, Николаевской инженерной академии, и в Институте гражданских инженеров.

Профессиональная карьера А. И. фон Гогена насколько блестяща, настолько и стремительна. В 1895 году за проект здания для судебных установлений он становится академиком архитектуры, с 1896 года – действительный член Академии художеств. В 1893-1908 годах Александр фон Гоген – архитектор двора великого князя Владимира Александровича, а с 1903 года – архитектор Высочайшего двора. В 1900–1912 годах Гоген является членом инженерного комитета Главного инженерного управления. В этом качестве он разработал ряд проектов для военного ведомства, преимущественно храмов, учебных заведений, офицерских собраний и госпитальных строений. Именно в этой ипостаси Александр фон Гоген увековечил своё имя в Омске.

В июне 1900 года Гогеном был представлен проект деревянной церкви во имя иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость" Омского военного госпиталя на 400 человек. Но в январе 1901 года отец Алексей Серебренников вновь обращается с просьбой разработать проект уже каменной церкви. Соответствующий проект, составленный Гогеном, был утверждён в начале 1903 года. Храм был заложен в 1904 году, и в 1906-м освящён. Заодно он разработал проект приписанной к церкви Серафимо- Алексиевской часовни, установленной в 1907 году на правом берегу реки Оми, ставшей после её восстановления одним из современных городских брендов .

Умер А. И. фон Гоген 1 апреля 1914 года (по нов. ст.) в Санкт-Петербурге.